1542 gelangte Wernerseck - wiederum als Pfand - an Georg von Eltz zu Langenau. In dieser Pfandverschreibung von 1541/42 für die Grafen von Eltz wird u. a. festgelegt, dass die Pfandherren berechtigt sind, 1000 Gulden für den Bau aufzuwenden.
Zu Beginn des 17. Jahrhunderts trat die Linie Eltz-Rübenach das Erbe der von Eltz-Langenau an. 1648 erfolgt die Belehnung des Johann von Eltz-Rübenach unter der Maßgabe, an der baufälligen Anlage 2000 Reichstaler zu verbauen.

1815 wurde die vermutlich Mitte des 17. Jahrhunderts verfallene Anlage veräußert. Die vom Koblenzer Archivar Leopold Eltester 1836 (siehe Grafik links) angefertigten Zeichnungen zeigen Burg Wernerseck bereits als dachlose Ruine.