Im Jahre 1469 wurde die Burg dann reichsfrei.
Auch im 16. und 17. Jahrhundert hatte Burg Waldeck mehrere Eigentümer: zum einen Kurpfalz, zum anderen die weiße und schwarze Linie der Freiherren Boos von Waldeck, und durch Heirat kamen noch die Herren von Metzenhausen hinzu. Im Verlauf des Pfälzischen Erbfolgekrieges (Reunionskrieg) wurden Ober- und Unterburg 1688 zerstört. Auf dem Gelände der ehemaligen Unterburg ließ 1720 der kurtrierische Oberstallmeister Wilhelm Lothar Freiherr Boos von Waldeck ein kleines dreiflügeliges Barockschloss als Sommersitz errichten.
Nach Enteignungen wurde die Anlage 1813 durch die französische Verwaltung versteigert, und 1833 erfolgte der vollständige Verkauf des Boos von Waldeck´schen Landbesitzes auf dem Hunsrück. Das barocke Schloss wurde durch Ausbrechen der Fenstergewände, Abtragen der Dächer und andere Maßnahmen teilweise abgebrochen. 1910 ging die gesamte Anlage in den Besitz des Kreises Simmern über. Im Jahr 1921 gelangten Ober- und Unterburg an die Nerother Wandervögel. Diese bauten die Anlage teilweise aus und errichteten 1968-1974  auf dem Ruinengelände der Oberburg eine "Jugendbleibe".