Sowohl die Burg als auch die Stadt Andernach bleiben bis 1803 im Besitz des Kölner Erzstiftes und bildeten den Mittelpunkt eines eigenen Kölner Amtsbezirkes.
Im Spätmittelalter zählt Andernach sogar zu einer der Haupt-Verwaltungszentren des Kölner Kurstaates. Wie viele andere Baulichkeiten auch, wird Burg Andernach 1689 im Pfälzischen Erbfolgekrieg durch Sprengung zerstört.
Die Ruine geht 1815 in preußischen Besitz über.

Der noch erhaltene Wohnturm diente 1836 als Gefängnis und 1911 als Jugendherberge.
Heute befindet sich die Anlage in Besitz des Landes Rheinland-Pfalz.